कुछ मीडिया रिपोर्टों में यह आरोप लगाया गया है कि भारत में कोविड 19 के जीनोम अनुक्रमण और विश्लेषण में तेजी से गिरावट आई है, जबकि बीमारी के मामले लगातार बढ़ रहे हैं। रिपोर्ट में दावा किया गया है कि देश में अब तक बहुत कम नमूनों का अनुक्रमण किया गया है।

यह स्पष्ट किया जाता है कि रिपोर्ट में उद्धृत अनुक्रमणों की संख्या, भारतीय कोविड 19 जीनोम निगरानी पोर्टल (http://clingen.igib.res.in/covid19genomes/) से ली गई प्रतीत होती है। आईजीआईबी एएफटीपी में विश्लेषण किए गए अनुक्रमण नमूनों के संग्रह की तिथि के अनुसार हैं और किसी विशेष महीने में अनुक्रमित नमूनों की संख्या को नहीं दर्शाते हैं। आईएनएसएसीओजी कंसोर्टियम की प्रयोगशालाओं द्वारा अनुक्रमित नमूने भी संबंधित राज्यों द्वारा भेजे गए नमूनों पर निर्भर करते हैं।

 माहवार अनुक्रमित नमूनों की संख्या इस प्रकार है:

इसके अलावा, आईएनएसएसीओजी प्रयोगशालाओं द्वारा नमूनों के प्रारंभिक चरण में अनुक्रमण का उद्देश्य विदेश से आने वाले यात्रियों के बीच चिंताजनक वेरिएंटों (वीओसी) का पता लगाना था और यह भी देखना था कि क्या वीओसी संक्रमित किसी व्यक्ति ने आईएनएसएसीओजी की स्थापना की तारीख (26 दिसंबर, 2020) से पिछले एक महीने (28 दिन की प्रवेश अवधि का दोगुना) में देश में प्रवेश किया है। देश के भीतर वीओसी का पता लगाने के लिए, संक्रमितों के 5 प्रतिशत (आरटी-पीसीआर द्वारा) लोगों को अनुक्रमण के लिए लक्षित किया गया था। जनवरी, 2021 के अंत तक दोनों उद्देश्यों को पूरा कर लिया गया था।

महाराष्ट्र, पंजाब और दिल्ली जैसे कई राज्यों ने फरवरी में बढ़ते रुझान दिखाने शुरू कर दिए और प्रत्युत्तर के तौर पर विदर्भ के 4 जिलों, महाराष्ट्र के 10 जिलों और पंजाब के लगभग 10 जिलों में अनुक्रमण बढ़ाया गया।

इसके अलावा, प्रतिमाह 300 नमूनों या प्रति राज्य 10 निगरानी स्थलों तक संख्याएं निर्धारित नहीं की गई हैं। ये सांकेतिक संख्याएं हैं और राज्यों/केंद्र शासित प्रदेशों को सभी भागों से भौगोलिक प्रतिनिधित्व सुनिश्चित करने वाले अधिक निगरानी स्थलों की पहचान करने की छूट दी गई है।

निगरानी स्थलों के अलावा, राज्यों के पास आईएनएसएसीओजी प्रयोगशालाओं को अनुक्रमण के लिए टीकाकरण का विवरण, पुनः संक्रमण या अन्य असामान्य पाए गए नमूने भेजने का विकल्प है।

इसके अतिरिक्त, निगरानी की ऐसी रणनीति ने यह सुनिश्चित किया कि प्रत्येक राज्य के नमूनों का भौगोलिक रूप से अच्छी तरह से प्रतिनिधित्व किया गया, क्योंकि रेंडम नमूने की  रणनीति के 5 प्रतिशत के परिणामस्वरूप कुछ जिलों के नमूने अधिक प्रतिनिधित्व वाले थे, जबकि कुछ जिलों में राज्यों का प्रतिनिधित्व नहीं किया गया था। संक्रमण में कमी के साथ, शून्य या एकल अंक वाले साप्ताहिक नए मामलों वाले जिलों के लिए सेवा प्रदान करने वाले निगरानी स्थलों से नमूनों की उपलब्धता भी कम हो गई है। वर्तमान में, देश के 86 से अधिक जिलों में शून्य साप्ताहिक नए मामले सामने आ रहे हैं।

पिछले एक महीने से अधिकांश नए मामले केवल दो राज्यों केरल और महाराष्ट्र से हैं। वर्तमान में कुल 45000 नए मामलों में से 32000 से अधिक मामले केरल से और 4000 से अधिक मामले महाराष्ट्र से हैं, जिसका अर्थ है कि 80 प्रतिशत मामले दो राज्यों के हैं और देश के शेष राज्यों के केवल 9000 मामले हैं, जो लगभग 20 प्रतिशत हैं। यह विभिन्न राज्यों से प्राप्त नमूनों में भी परिलक्षित होता है।

जुलाई के बाद से, नमूना विवरणों के सटीक रूप से साझा करना और डब्ल्यूजीएस परिणामों को समय पर भेजने के लिए, निगरानी साइटों द्वारा डब्ल्यूजीएस हेतु नमूनों के लिए डेटा आईएचआईपी पोर्टल के माध्यम से साझा किया जा रहा है, जो नमूना विवरणों और डब्ल्यूजीएस परिणामों के तत्काल साझाकरण को सुनिश्चित करता है। तदनुसार, जुलाई में निगरानी स्थलों के माध्यम से 9066 नमूने भेजे गए और अगस्त में 6969 नमूने साझा किए गए। 

एनसीडीसी में पैंगो लाइनेज के साथ माह-वार नमूने (विभिन्न आईएनएसएसीओजी प्रयोगशालाओं से) प्राप्त किए गए।

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